Maintien de salaire en arrêt maladie : ce que vous touchez vraiment

Un arrêt maladie de trois semaines, et un virement de fin de mois plus léger que prévu. Le maintien de salaire en arrêt maladie ne garantit presque jamais l’intégralité de la paie : il combine deux payeurs distincts, deux calculs et deux délais de carence qui ne se superposent pas.

Voici comment se répartissent les versements, jour après jour, avec les montants officiels de la Sécurité sociale et le barème légal de l’employeur. Celui qui a déjà épluché son net après cotisations y trouvera un repère utile : un arrêt maladie se lit d’abord sur le salaire brut, avant de se lire sur le virement. Les exemples chiffrés partent tous d’une paie de 2 000 euros bruts.

Maintien de salaire en arrêt maladie : deux versements qui s’additionnent

Deux acteurs se partagent la facture. La Caisse primaire d’assurance maladie (CPAM) verse les indemnités journalières, les fameuses IJ, au titre de la Sécurité sociale. L’employeur peut ensuite compléter cette somme pour rapprocher le montant perçu du salaire habituel.

Le complément patronal exige de remplir toutes les conditions suivantes : un an d’ancienneté au moins, calculé à partir du premier jour d’absence, un certificat médical transmis à l’employeur dans les 48 heures, une affiliation à un régime de Sécurité sociale ouvrant droit aux IJ, et des soins reçus en France ou dans l’Espace économique européen. Les travailleurs à domicile, les saisonniers, les intermittents et les temporaires en sont exclus, quelle que soit leur ancienneté.

Un détail rassure : le versement effectif des IJ n’est pas une condition du complément. Un salarié dont la CPAM tarde à payer, ou refuse, peut donc réclamer sa part à l’employeur. Les IJ servent seulement de base au calcul, puisque l’employeur les déduit de ce qu’il doit.

Premier réflexe, donc : vérifier l’ancienneté retenue par la paie. Un salarié à onze mois d’ancienneté au premier jour d’absence n’a droit qu’aux IJ de la Sécurité sociale, sauf règle conventionnelle plus généreuse. Un seul mois de plus ou de moins, et l’arrêt ne se paie pas du tout de la même façon, ce qui justifie de contrôler la date d’entrée inscrite sur le bulletin.

Les deux versements se cumulent sans difficulté : la part du salaire payée par l’employeur s’ajoute aux IJ. En revanche, les IJ ne se cumulent ni avec les allocations chômage, ni avec les indemnités de maternité, ni avec celles d’accident du travail, un point à vérifier avant de reprendre une activité partielle ou de s’inscrire à France Travail.

Sécurité sociale : le calcul des indemnités journalières, chiffres à l’appui

Pour ouvrir droit aux IJ, un salarié doit avoir travaillé 150 heures au moins durant les trois mois civils précédant l’arrêt, ou avoir cotisé sur la base de 1 015 fois le Smic horaire pendant les six mois précédents. Au-delà de six mois d’arrêt, le seuil monte à 600 heures sur douze mois, avec douze mois d’affiliation. Les jours déjà indemnisés comptent pour six heures de travail chacun.

Les IJ valent 50 % du salaire journalier de base. Pour un salarié payé au mois, ce salaire s’obtient en additionnant les trois derniers salaires bruts avant l’arrêt, puis en divisant le total par 91,25.

Avec 2 000 euros bruts par mois, trois mois font 6 000 euros, divisés par 91,25 : 65,75 euros de salaire journalier de base. La moitié donne 32,87 euros d’IJ par jour, week-end compris, puisque les IJ se versent sur les jours calendaires. Sur un arrêt de 30 jours, trois jours de carence retirés, la Sécurité sociale règle 27 jours d’IJ, soit environ 887 euros bruts : un peu moins de la moitié d’une paie normale, avant tout complément de l’employeur.

Le calcul a un plafond. Le salaire retenu ne dépasse pas 1,4 fois le Smic, soit 2 613,82 euros par mois, et l’IJ s’arrête à 42,97 euros bruts par jour. Au-delà du seuil, un cadre à 4 500 euros bruts et un salarié à 2 700 euros touchent exactement la même IJ.

Côté calendrier, la carence de trois jours s’applique à chaque arrêt : un arrêt qui commence le 1er juillet ouvre droit aux IJ à partir du 4. Le versement a lieu tous les quatorze jours. La durée maximale atteint douze mois sur trois ans consécutifs, portée à trois ans en cas d’affection de longue durée (ALD). Un arrêt papier n’est accepté que sur un cerfa sécurisé à étiquette holographique : photocopies et scans sont refusés.

Deux exceptions à la carence méritent d’être connues. Elle ne s’applique pas lorsque le salarié reprend le travail moins de 48 heures entre deux arrêts, ni pour des arrêts successifs liés à une ALD. Les jours de carence ne sont pas perdus pour la retraite : seule la durée de l’arrêt compte, et un trimestre est validé par période de 60 jours d’indemnisation, dans la limite de quatre trimestres par an.

Ancienneté et durée : combien de jours l’employeur complète

Le Code du travail fixe un barème par tranches d’ancienneté. Le complément démarre après sept jours de carence : un arrêt pris le 1er janvier est complété à partir du 8. La première moitié de la durée est payée à 90 % de la rémunération brute, la seconde à 66,66 %.

La mécanique est régulière : chaque tranche de cinq ans d’ancienneté ajoute 20 jours de complément, jusqu’au plafond de 180 jours. Les tranches intermédiaires suivent la même logique, avec 80 jours pour 6 à 10 ans et 120 jours pour 16 à 20 ans. Passé le dernier jour du barème, seules les IJ de la Sécurité sociale continuent d’arriver, et elles ne couvrent qu’une partie du salaire.

Pour son maintien de salaire en arrêt maladie, une salariée à huit ans d’ancienneté a droit à 80 jours au maximum, dont 40 à 90 % puis 40 à 66,66 %. Un long arrêt pose aussi la question des droits qui s’accumulent ou non pendant l’absence : le calcul des congés payés détaille les cas particuliers.

Le complément ne s’arrête pas aux portes de l’entreprise : un salarié malade pendant sa période d’essai, son préavis ou ses congés payés peut y prétendre, dès lors qu’il remplit les conditions d’ancienneté et d’affiliation. La date de l’arrêt compte donc moins que la situation contractuelle au premier jour d’absence.

Ce qui change le montant réellement versé sur votre compte

Le barème légal fixe un plancher, jamais un plafond. Trois mécanismes décalent la somme qui arrive au final, tantôt en votre faveur, tantôt au détriment de votre trésorerie, et aucun ne figure sur le certificat d’arrêt.

La convention collective peut faire mieux que la loi

Pour le maintien de salaire en arrêt maladie, beaucoup de branches ont négocié un régime plus généreux : carence réduite ou supprimée, durée allongée, taux relevé. La règle la plus favorable au salarié s’applique. Le nom de la convention collective figure sur la fiche de paie, et le Code du travail numérique permet de le saisir pour obtenir le barème de la branche. Lisez donc la convention avant de vous fier au tableau ci-dessus.

Une convention peut, par exemple, supprimer la carence de sept jours : le complément part alors dès le premier jour d’absence, et non plus au huitième.

La subrogation : qui avance l’argent

Avec la subrogation, l’employeur continue de payer le salarié pendant l’arrêt et perçoit à sa place les IJ de la CPAM. Sans elle, le salarié reçoit ses IJ en direct, tous les quatorze jours, et le complément arrive sur la paie. Le total ne bouge pas, le rythme des encaissements si : un virement unique en fin de mois dans le premier cas, deux flux décalés dans le second.

Au-delà des 180 jours maximum du barème légal, seul un contrat de prévoyance, souscrit par l’entreprise ou imposé par la branche, peut encore compléter les IJ. Sa notice précise la franchise et le taux de remplacement, et se demande aux ressources humaines.

Un complément calculé en différentiel

Le complément n’est pas une addition de pourcentages. L’employeur garantit 90 % du brut, puis 66,66 %, et déduit les IJ de la Sécurité sociale. Reprenons 2 000 euros bruts, sur un mois de 30 jours : 90 % font 1 800 euros, soit 60 euros par jour. Moins 32,87 euros d’IJ, il reste environ 27 euros par jour à la charge de l’employeur. Au final, le salarié perçoit 90 % de son brut, pas 90 % plus les IJ.

Cette logique explique l’écart que beaucoup constatent entre le pourcentage annoncé et le virement final : les 90 % visent le revenu total, IJ comprises, et non le complément seul. Sur la seconde période, à 66,66 %, l’employeur ne verse plus qu’un peu moins de 12 euros par jour dans le même exemple, et le salarié touche 44 euros par jour au total, contre 60 durant la première période.

Versement bloqué ou absent : les démarches qui débloquent la situation

Le certificat médical part chez l’employeur dans les 48 heures, celui de la CPAM suit son propre circuit. Un arrêt papier ancien modèle, photocopié ou scanné est rejeté par la caisse et ne donne droit à aucune IJ. Autant s’en assurer dès la consultation, avant de quitter le cabinet, car un arrêt refusé ne se rattrape pas toujours.

Si le complément manque sur la paie, l’ordre des démarches est connu. Un courrier à l’employeur d’abord, qui rappelle l’ancienneté, les dates d’arrêt et le barème applicable ; le Code du travail numérique propose un modèle de lettre pour cela. Sans réponse, l’Inspection du travail peut être saisie, puis le conseil de prud’hommes en dernier ressort pour réclamer les sommes dues.

Autre blocage fréquent : l’épuisement des droits. Les IJ s’arrêtent après douze mois sur trois ans. En cas d’ALD, un nouveau délai de trois ans ne s’ouvre qu’après au moins un an de reprise du travail. Quand le versement s’interrompt sans explication, le compteur de la CPAM est le premier endroit où regarder, avant même de soupçonner l’employeur.

Deux cas échappent à ce schéma. Après un accident du travail ou une maladie professionnelle, il n’existe aucun jour de carence : les IJ partent dès le premier jour d’absence. Pour les alternants, le régime a ses propres règles, que détaille la page sur le salaire d’un apprenti en arrêt maladie.

Quatre pièces suffisent à tout reconstituer : le certificat daté, le dernier bulletin de paie avant l’arrêt, le relevé d’IJ envoyé par la CPAM tous les quatorze jours et le nom de la convention collective. Avec elles, le maintien de salaire en arrêt maladie se vérifie ligne à ligne en dix minutes, calculette en main, et un écart de quelques euros par jour se repère tout de suite.

Sources

• Service-Public — indemnités journalières versées au salarié en arrêt maladie, 2026
• Code du travail numérique — maintien de salaire de l’employeur en cas d’arrêt maladie, 2024